Джавахети является частью высокогорья вулканического происхождения, находящегося между Грузией, Арменией и Турцией. Экосистема этого региона Грузии со своими горными степями, субальпийскими высокотравными и альпийскими лугами, реликтовыми субальпийскими лесными рощами, болотными и водными растениями и десятками эндемических видов представляет один из уникальных ареалов в кавказском экорегионе.
Особое международное значение Джавахети обусловлено наличием здесь территорий с повышенной влажностью на высокогорных плато и на большой высоте от уровня моря, являющихся перекрёстком на пути миграции птиц Европы, Азии и Африки. Согласно международному праву охраны окружающей среды, территории с повышенной влажностью Джавахети отнесены к разделу Рамсарской конвенции.
Охраняемые территории Джавахети являются результатом первого трансграничного экологического сотрудничества на Кавказе. Формирование этих территорий началось впервые в Грузии на основе европейского опыта и методологии ландшафтного планирования. На основе заключений ландшафтного планирования возможно будет создать национальный парк, 5 заповедников, охраняемый ландшафт и памятник природы.
На Джавахетском нагорье в виде территорий с повышенной влажностью находятся озёра вулканического происхождения, а также болота, образовавшиеся в геологический период в результате эвтрофикации озёр. Из озёр следует отметить: Конахи (на границе с Турцией), Ханчали, Мадатафа, Бугдашени, Сагамо, Фаравани и Табацкури.
В ареале охраняемых территорий насчитывается 275 видов птиц, что составляет 3/4 всех видов пернатых Грузии. В нагорной части Джавахети насчитываются по меньшей мере 225 основных вида пернатых, а приблизительно 50 видов пернатых на этой территории встречаются редко или появляются периодически.
Регион богат природными и историческими памятниками. Недалеко от охраняемых территорий Джавахети находится немало национальных парков и заповедников, а также монастырский комплекс Вардзия и Хертвисская крепость.