Муниципалитет Лагодехи находится на северо-востоке Грузии, в Алазанской долине, на границе трёх государств – Грузии, Азербайджана (Белакенский район) и России (Дагестанский округ). Центр муниципалитета расположен у подножья южного откоса Кахетинского Кавкасиони, в Алазанской равнине, на берегах реки Лагодехис Цкали. Это один из самых древних населённых пунктов в Кахети. Лагодехи известен серными минеральными водами, которые используются в лечебно-профилактических целях.
В 1912 году, недалеко от Лагодехи, был основан первый в Грузии государственный заповедник, площадь которого составляет 3500 га. Инициатором создания заповедника был исследователь кавказской флоры и фауны, польский натуралист Людвиг Лакасевич. В 1935 году к заповеднику присоединили бассейны рек Салесави Хэви и Бнели Хэоба, а в 1945 году – альпийские и субальпийские летние пастбища. Это явление имело особенное значение, так как заповедник охватил целый спектр климатических зон и ландшафтов, распространённых на окрестных территориях. В настоящее время природоохранная территория Лагодехи охватывает Лагодехский заповедник (22 266 га) и Лагодехский заказник (1992 га) и выполняет не только природоохранную, но и образовательную и рекреационную функции.
Чётко расчерченный рельеф, широкая амплитуда высот, склоны различного наклона и разных экспозиций, глубокие ущелья с реками, создают различные физико-географические условия и способствуют многообразию растительного покрова. Здесь собрано 2/3 растений, распространённых в Грузии. В Лагодехи охраняется лиственные, грабовые и буковые леса, в которых растут грузинский дуб, клён и берёза. Выше 2300 м (до 2700 м) растут кустарники рододендрона. Из всей флоры заповедника 121 вид является кавказскими, а 9 грузинскими эндемами. В Лагодехском заповеднике обитают большинство распространённых в Грузии хищных и парнокопытных животных. Заповедник богат и орнитофауной.