მთავარი ეკლესია "ფერისცვალება" VIII-IX საუკუნეებშია აგებული უძველესი ეკლესიის ადგილზე, სადაც დაკრძალული იყო მონასტრის დამაარსე-ბელი ზენონი. გადმოცემის თანახმად ამ ეკლესიაში უნდა იყოს არსენ იყალთოელის საფლავიც.

ეკლესია გეგმით ჯვარ-გუმბათოვანი, ე.წ. `ჩახაზული ჯვრის ტიპისაა, ნაგებია ფლეთილი ქვით, ნაწილობრივ შირიმიც ურევია (ძირითადად კახეთის ძეგლებისთვისაა დამახასიათებელი), XIX საუკუნეში აღდგენილი გუმბათი კი აგურისაა. `ფერისცვალების ეკლესია რელიეფებით ძუნწადაა შემკული, ხოლო შებათქაშება-შეთეთრებამ მხატვრული იერი. 

ეკლესიის მხატვრულად გაფორმებული ერთადერთი ნაწილი გუმბათის ყელია. მის სარკმელებს შემოვლებული აქვს დეკორატიული თაღები ფერადო-ვანი, რელიეფური რომბებით (შავად და მუქწითლად შეღებილი აგური). ზედა რეგისტრი კი შევსებულია დეკორატიული ნიშნებით.

ტაძარს სამივე მხრიდან აქვს შესასვლელი თაღოვანი კარიბჭეებით. დასავლეთი კარიბჭის მეორე სართულზე ეკლესიის  მსახურის ოთახია, მის ზევით დაშენებული სამრეკლო XIX საუკუნეშია აგებული. ყურადღებას იპყრობს აღმოსავლეთი ფასადზე, სარკმელთან ახლოს, ჯვრის გამოსახულებიანი ორი ფილა ასომთავრული წარწერით, რომელშიც იხსენიება ივანე

ინტერიერსი საოცრად აზიდული და გაშლილია. უხვად ნათდება გუმბათის თორმეტი და ,კლავების თითო სარკმლით. კახეთის ეკლესიებს შორის `ფერისცვალება` ერთ-ერთი უძველესია, სადაც გუმბათი ოთხ თავისუფლად მდგომ სვეტს ეყრდნობა. ცენტრალური საკურთხეველი გვერდითა სათავსებს აფსიდები არა აქვს, ისინი სწორკუთხა ოთახებია კონკრეტული დანიშნულებისათვის  სამსხვერპლოსა და სამკვეთლოსათვის. ინტერიერი მოხატული ყოფილა. ამჟამად მოხატულობის კვალი სრულიად წაშლილია, კედლები მთლიანად შელესილ-შეთეთრებულია. ტაძარი საუკუნეების მანძილზე მრავალჯერ შეუკეთებიათ როგორც შუა საუკუნეებში, ასევე XIX საუკუნეში.

მთავარი ეკლესიის აღმოსავლეთით დგას პატარა ეკლესია  სამება. იგი მნიშვნელოვნად შეცვლილა აღდგენის შემდეგ. ამჟამად სწორკუთხა ნაგებობა, ორქანობიანი კრამიტის სახურავით, აშენებულია ასევე ფლეთილი ქვით, ჩრდილოეთიდან მიშენებულ კიბეს ავყავართ დასავლეთის კარიბჭის თავზე მდებარე სენაკში, რომელიც მოგვიანებით არის დაშენებული.

შესასვლელის თავზე ჩასმულია რელიეფური ფილა სამი წმინდანის გამოსახულებით. რელიეფი თავისთავად ქართული პლასტიკური ხელოვნების ერთ-ერთი მნიშვნელოვანი ნიმუშია. ინტერიერის ცენტრალური კვადრატი ოთხივე მხრიდან თანატოლი მკლავებით და ასევე ოთხივე კუთხის განსაკუთრებული სისქე, რომელიც გუმბათის საყრდენი უნდა ყოფილიყო მიგვითითებს, რომ სამება გადაკეთებულია ძველი გუმბათიანი ეკლესიიდან.

ეკლესიის ყოველი შეკეთება და გადაკეთება XIX საუკუნეს მიეკუთვნება. ეკლესიის ქვეშ მოთავსებული საძვალე უცვლელადაა შემონახული. მისი სიმაღლეა 260სმ. სამების ეკლესია VI საუკუნის მეორე მიეკუთვნება. იგი ერთ-ერთი უძველესი ნიმუშია ჯვარ-გუმბათოვანი ეკლესიისა, რომელიც ტოლმკლავიანი ჯვრის გეგმის პრინციპზეა აგებული. 

მონასტრის მესამე ეკლესია, ყველაწმინდა, რომელიც მთავარი ეკლესიის ფერისცვალების სამხრეთით დგას, აშენებულია XII-XIII საუკუნეში. იგი დარბაზული ტიპისაა, ნაგებია ფლეთილი ქვით, კედლის ნაწილებში ჩართული აგური კი რესტავრაციაზე მიგვითითებს. გადახურულია კრამიტით. კედლები აქაც შელესილ-შეთეთრებულია. 

ერთადერთი შესასვლელი ჩრდილოეთის მხრიდან მორთულია დეკორატიული, საფეხუროვანი თაღებით. ასევე მსაგავსი დეკორი ამკობს დასავლეთისა და აღმოსავლეთის სარკმლებს. დასავლეთის სარკმლის თაღში ჩასმულია მომწვანო-მოფირუზისფრო ქვის ჯვარი, რომელიც ფერით მკვეთრად გამოიყოფა მთელ ფასადზე. 

ეკლესიების სამხრეთით, ახლანდელი მონასტრის გალავანთან, რიყის ქვით ნაგები დიდი შენობის ნანგრევებია. გადმოცემის მიხედვით, სწორედ ეს არის უმაღლესი სასწავლებლის  აკადემიის შენობა, სადაც მოღვაწეობდა არსენ იყალთოელი. ნაგებობა თავის დროზე ორსართულიანი უნდა ყოფილიყო, მეორე სართულზე უზარმაზარი დარბაზით. პირველ სართულზე არის დიდი დარბაზი დამატებითი სათავსებით. თითოეული მათგანის ზუსტი დანიშნულების განსაზღვრა დღეს რთულია. სავარაუდოდ აღმოსავლეთ ნაწილში  აკადემია იყო, დასავლეთით კი სატრაპეზო. დასავლეთ ნაწილში სამხრეთის კედლის ორივე სართულზე სხვადასხვა ზომისა და ფორმის ნიშებია (სავარაუდოდ სამეურნეო დანიშნულების). ამავე ნაწილის ორივე სართულზე ამოყვანილია ბუხარი.

ძეგლის გაწმენდის დროს აღმოაჩინეს რამდენიმე ქვევრი. შემორჩენილია საბჯენები მეორე სართულის იატაკისათვის. ორივე სართული უხვად იქნებოდა განათებული. აღმოსავლეთის კედელი ზედა სართულზე იხსნებოდა რვაწახნაგა სვეტზე გადაყვანილი ორმაგი თაღით. ასეთივე დიდი ღიობების არსებობაზე მიუთითებს ჩრდილოეთისა და დასავლეთის ფასადებზე შემორჩენილი კვალი. ნაგებობის ჩრდილოეთი ფასადი დიდთაღოვანი შესასვლელებით, ძირითადად, ერთი სართულის სიმაღლითაა შემორჩენილი.

აკადემიის აღმოსავლეთით, მის გაგრძელებაზე, ყურძნის საწნახელია და გაურკვეველი დანიშნულების მეორე სართული. ვიწრო, გრძელი საწნახელი ოთხი ნაწილისაგან შედგება. თითოეული მათგანი გადახურულია ჯვრული კამარით, ურთიერთშორის და ჩრდილოეთის მხარეს თაღებითაა გახსნილი

აკადემიის შენობას თავისი არქიტექტურული ფორმებით VIII-IX საუკუნეებს მიაკუთვნებენ. აკადემიამ იარსება XVII საუკუნემდე. 1614-1616 წლებში შაჰ-აბასის შემოსევების დროს, ისევე როგორც კახეთის სხვა ბევრი ისტორიული ძეგლი, დაინგრა და სამუდამოდ შეწყვიტა არსებობა.

XX საუკუნის 20-იან წლებში იყალთოს მონასტრის მეცნიერული კვლევა და შესწავლა დაიწყო აკად. გ. ჩუბინაშვილმა, ხოლო 60-იან წლებში კულტურის ძეგლთა დაცვის სამმართველოს მიერ ჩატარებული სარესტავრაციო სამუშაოების შედეგად გაიწმინდა და, ნაწილობრივ აღდგა და გამაგრდა აკადემიის შენობა, შეკეთდა მთავარი ტაძარი.