(V ს-ის ბოლო – 1020წ.)

XI საუკუნეში მანგლისში წიგნები იწერებოდა და ითარგმნებოდა, მაგალითად მათეს და იოანეს სახარების თარგმანები. ეს ყველაფერი ნათლად მიუთითებს, რომ მანგლისში ამ დროს კულტურული ცხოვრება ჩქეფდა.

ქრისტიანობის ოფიციალურ რელიგიად გამოცხადებისთანავე, ესეიგი IV საუკუნის ოცდაათიან წლებში, ერთ–ერთი პირველი ტაძარი სწორედ მანგლისში აიგო. VI საუკუნეში მანგლისის ტაძარი იმდენად სახელგანთქმული ყოფილა, რომ მის კარზე სალოცავად საქართველოს საზღვრებს გარედან, კერძოდ, სომხეთიდანაც დადიოდნენ.

მანგლისის ფრესკები შუა საუკუნეების ქართული ფრესკული მხატვრობის ერთ-ერთი პირველხარისხოვანი ძეგლია. 1953 წელს საქართველოს ხელოვნების სახელმწიფო მუზეუმის დავალებით მანგლისის გუმბათში შემორჩენილი ფრესკების ნაწილის პირები გადაიღო მხატვარმა ტ. შევიაკოვამ, პირები ხელოვნების მუზეუმში ინახება.

ძეგლი მდებარეობს დაბა მანგლისის განაპირას, ეროვნული პარკის მთავარ შესასვლელთან და წარმოადგენს ერთ-ერთ მნიშვნელოვან მართმადიდებლურ ტაძარს საქართველოში, რომლის პირველადი სახე ჯერ კიდევ 4 საუკუნეშია აგებული. მისვლა შესაძლებელია ნებისმიერი ტრანსპორტით.

ისტორიულ წყაროებში დაცული ცნობები მოწმობს, რომ მანგლისი საქართველოში ქრისტიანობის გავრცელების ერთ-ერთი უძველესი კერა იყო. ქრისტიანობის ოფიციალურ რელიგიად გამოცხადებისთანავე, ესეიგი IV საუკუნის ოცდაათიან წლებში, ერთ–ერთი პირველი ტაძარი სწორედ მანგლისში აიგო. ლეონტი მროველის ცნობით IV საუკუნის პირველ ნახევარში მანგლისი ქალაქია და თბილისთან, უჯარმასთან, ბოლნისთან და რუსთავთან ერთად ქართლის ყველაზე მნიშვნელოვან ქალაქად ითვლებოდა. ამ გარმოებამ განაპირობა ის, რომ როდესაც საქართველოს მეფე მირიანმა ქრისტიანობა მიიღო და კონსტანტინე კეისარმა მისი თხოვნის თანახმად მის მოციქულს ეპისკოპოსს იოვანეს წმინდა რელიქვიები გამოატანა და აგრეთვე დიდძალი განძი, მან მცხეთაში მისვლამდე გზაზე ჯერ ერუშეთს და წუნდას დაუტოვა რელიქვიების ნაწილი და განძი ეკლესიების ასაშნებლად, ხოლო იქიდან `წარმოვიედა და მოვიდა მანგლისს და იწყო ეკლესიასა შენება; და დაუტევნა ფიცარი იგი უფლისანი~. იმის შესახებ, რომ მანგლისში ერთ-ერთი პირველი ქვის ეკლესია იქნა აგებული, სადაც ქრისტიანობის უწმინდესი განძი, ქრისტე ჯვრის ნაწილები ყოფილა დაცული, X საუკუნის ისტორიკოსი არსენი კათალიკოსიც მოგვითხრობს თავის შრომაში `ცხოვრება წმინდა ნინოსი~. ამ ცნობას ისიც ადასტურებს, რომ V საუკუნეში ვახტანგ გორგასალის მიერ დაარსებულ 12 საეპისკოპოსოს შორის მანგლისი რიგით მეოთხეა დასახელებული. იმას, რომ მანგლისი საქართველოში ერთ-ერთი პირველი საეპისკოპოსო კათედრა იყო ადასტურებს მრავალი ისტორიული წყარო. VI საუკუნეში მანგლისის ტაძარი იმდენად სახელგანთქმული ყოფილა, რომ მის კარზე სალოცავად საქართველოს საზღვრებს გარედან, კერძოდ, სომხეთიდანაც დადიოდნენ. სწორედ ამიტომ, როცა ქართველ და სომეხთა ეკლესიებს შორის მომხდარი განხეთქილების შემდეგ, სომეხთა კათალიკოსმა აბრაამმა `607-8 წ. ირგვლივმოსავლელი ეპისტოლე გამოსცა~, ბრძანა, - სომხები `მცხეთის და მანგლისის ჯვრების კარზე სალოცავად აღარ გაემგზავრნენ ხოლმეო~. ამ საბითით ირკვევა, რომ მანგლისის ტაძარი თავიდან ჯვრის სახელობაზე იყო აგებული, ვინაიდან მისი აგებისთანავე მასში დაცულ იქნა წმინდა ჯვრის ნაწილები.
VII საუკუნის დასაწყისში ბიზანტიის იმპერატორი ჰერაკლე (610-641) საქართველოს შეესია და 627 წელს თბილისიც აიღო. ჯუანშერი გოდებით მოგვითხრობს, რომ `მაშინ ერეკლე მეფემან წარიხუნა მანგლისით და ერუშეთით ფერხთა ფიცარნი და სამსჭუალნი უფლისა ჩუენისა იესო ქრისტესნი, რომელნი მოცემუილ იყვნენ კონსტანტინესგან მირიანისდა~-ო. რასაკვირველია, ეს მეტად დიდი დანაკარგი იყო ქართული ქრისტიანობისათვის. 
ამის შემდეგ მანგლისის ტაძარზე ისტორიულ წყაროებში XI საუკუნემდე არავითარი ცნობები არ გვხვდება. XI საუკუნის პირველ მესამედში ტაძრის ისტორიაში დიდი გარდატეხა ხდება. შედარებით პატარა ეკლესია რადიკალურად გადააკეთეს, ძველი გუმბათი შეიცვალა ახლით, ძეგლი შეამკეს იმ დროისათვის დამახასიათებელი ქვაზე კვეთილი ჩუქურთმით, მის ფასადებზე ამოკვეთეს სხვადასხვა ხასიათის წარწერები, რომლებიც გვაწვდიან ზოგიერთ ცნობას XI საუკუნეში ტაძრის ისტორიის შესახებ, მოხატეს მთლიანად ტაძრის კედლები შიგნიდან (ამჟამად მხატვრობა მხოლოდ გუმბათშია შემორჩენილი). 
მანგლისის ტაძარს ისტორიული ხასიათის მრავალი წარწერა ჰქონდა, მაგრამ მათგან უფრო მნიშვნელოვანი XIX საუკუნის ორმოცდაათიან წლებში ჩატარებულმა რემონტმა იმსხვერპლა. ამჟამად ტაძარზე შემორჩენილ წარწერებს შორის ზოგი იმდენადაა დაზიანებული, რომ მხოლოდ ნაწილობრივ იკითხება, ზოგი კი ძეგლის ისტორიისათვის საყურადღებოს არაფერს შეიცავს.

ტაძრის კედლებზე შემორჩენილი წარწერებიდან დღემდე მხოლოდ აბოლირას წარწერამ მოაღწია, რომელიც სამხრეთ-დასავლეთი ფასადის სარკმლის თავზეა ამოკვეთილი. სხვა წარწერები, რომელთა წაკითხვაც ხერხდება, სამხრეთ კარიბჭეზეა მოთავსებული. აღსანიშნავია ტაძრის ორი დამათარიღებელი წარწერა, რომლებიც ბროსემ გამოსცა. პირველი წარწერა ასეთია: ქ…(დი) დსა ამას საყდარსა აღაშენა ქრონიკონსა სმ, ესე იგი 240 = 1020 წელს. ეს წარწერა იმ დროსაც ძალიან დაზიანებული ყოფილა, როდესაც მისი პირი ბროსეს კორესპონდენტებს გადაუღიათ. მაგრამ წარწერის ბოლოში ტაძრის აგების თარიღი, ქრონიკონი კარგად იკითხება. მეორე წარწერის ასლი ეროვნებით ფრანგს, მხატვარ ფრიჩს შეუსრულებია ეს ნახატი დაცულია პეტერბურგის აღმოსავლეთმცოდნეობის განყოფილების ხელნაწერთა ფონდში. ეს ნახატი ბართლომეის გაუგზავნია ბროსესათვის 1853 წლის 23 ოქტომბერს. ბართლომეი წერილში წერს, რომ ფრიჩმა ქართული არ იცის, რასაც ხედავდა ის დახატა და ამ მხრივ სრულიად სანდოაო. წარწერის მეოთხე სტრიქონის ბოლოს ნათლად იკითხება ქრონიკონი სმ, ესე იგი 240 = 1020 წელს. 
მანგლისის ტაძარზე ცნობები XI საუკუნის ისტორიულ წყაროებშიც გვხვდება. XI საუკუნის ცნობითი წერილობითი დოკუმენტი ძეგლის შესახებ ღირშესანიშნავ ცნობას გვაწვდის, ეს არის `გელათში დაცული სამი ტყავის წიგნი, მათეს და იოანეს სახარების თარგმანი, რომელსაც მრავალი საისტორიო წარწერა აქვს~. მათ შორის პირველ წიგნს ლიპარიტ ერისთავთა ერისთვის - `დაიწერა წ-ი ესე წიგნი მანგლისს: ბრძანებითა ჩემითა: საყოფელსა ძლევა შემოსილისა. ძელსა ცხოვრებისასა… ქრონიკონი იყოპ სიზ (1047 წელი)~. მეორე წიგნს: `დაიწერა წ-ა წიგნი ბრძანებითა ჩემითა დიდებულსა საყდარსა მანგლის საყოფელსა ძლევა შემოსილისა ძელისა ცხოვრებისასა~. (1048 წელი). თვით ის ფაქტი, რომ XI საუკუნეში მანგლისში წიგნები იწერებოდა და ითარგმნებოდა, ნათლად მიუთითებს, რომ მანგლისში ამ დროს კულტურული ცხოვრება ჩქეფდა.
როგორც ჩანს, მანგლისი განსაზღვრულ დროს ბაგრატ IV მეფობაში ბაღუაშებს ეჭირათ. ეს მოხდა ტაძრის აგების შემდეგ, ტაძრის აგების დროს კი გიორგი I და ბაღუაშებს შორის ურთიერთობა გამწვავებული არ იყო. ტაძრის ამშენებელი 1020 წელს მხოლოდ მეფე გიორგი I შეიძლება იყოს, რასაც ადასტურებს სამხრეთ კარიბჭის შესასვლელის თაღზე მოთავსებული წარწერაც. აღსანიშნავია, რომ ძველ საქართველოში ტაძარი ეწოდებოდა ისეთ ეკლესიას, რომელიც ეპისკოპოსის ან ქორეპისკოპოსის საჯდომად ითვლებოდა. 
შემდეგ საუკუნეებში, როგორც ჩანს, მანგლისის კათედრალის მყუდრო ცხოვრება დაირღვა.  მანგლისის წარწერებით და ისტორიული საბუთებით მტკიცდება, რომ მანგლისის ტაძარი, რომელიც თავიდან ჯვრის სახელზე იყო აგებული, შემდგომში ღვთისმშობლის სახელზე უკურთხებიათ. როდის მოხდა ეს და რა მიზეზით იყო გამოწვეული ტაძრის მეორედ კურთხევა და სახელის შეცვლა, არ ვიცით, ვინაიდან XI საუკუნიდან XV საუკუნემდე ისტორიულ საბუთებში მანგლისის ტაძარზე არავითარი ცნობები არ გვხვდება. XV საუკუნიდან კი ის ტაძრისადმი მიძღვნილ ყველა სიგელში, ჯვრის სახელთან ერთად, ღვთისმშობლის სახელითაც მოიხსენიება. ცნობილი პირველი ისტორიული საბუთი, სადაც მანგლისის ტაძარი ახალი სახელით გვხვდება, მეფე ალექსანდრე I მიერ 1441 წელს გაცემული სიგელია. საერთოდ რაიმე მიზეზის გამო დაქცეული ეკლესიის აღდგენისა ან მიტოვებულ ეკლესიაში წირვის განახლების შემდეგ ეკლესიის ახალ სახელზე კურთხევის სხვა მაგალითებიც არის (მაგ. სამწევრისი). 
ისტორიული საბუთები, სიგელ-გუჯარები, გვამცნობენ, რომ მანგლისის საეპისკოპოსო, როგორც დამოუკიდებელი სამწყმსო, გაუქმდა და ის თბილისის საეპისკოპოსოს შეუერთდა, რის შემდეგ თბილისის და მანგლისის გაერთიანებული სამწყსოს ეპისკოპოსი მანგლე-თბილელად იწოდება. როდის მოხდა და რა კონკრეტული მიზეზით იყო გამოწვეული ამ ორი საეპისკოპოსოს შეერთება, ამის შესახებ ისტორიული ცნობები არ მოიპოვება. მაგრამ ცნობილია, რომ ჯერ კიდევ XII საუკუნის დასაწყისში თურქმენთა გაერთიანებული ჯარი მოულოდნელად შემოიჭრა საქართველოში და 1121 წლის 12 აგვისტოს მოადგა ქალაქ მანგლისს. ცხადია თურქმენები, პირველ ყოვლისა, მანგლისის მდიდარ ტაძარს აიკლებდნენ და გაძარცვავდნენ, მაგრამ ცნობილი არ არის, სწორედ ამ დროს დაკარგა თუ არა მანგლისმა თავისი დამოუკიდებლობა. ამასთან XIII საუკუნეში მანგლელი ეპისკოპოსი კიდევ დამოუკიდებელი უნდა ყოფილიყო, ვინაიდან როგორც გუდარეხის წარწერაშია აღნიშნული, გუდარეხის ტაძარი მანგლელმა ეპისკოპოსმა ევდემონმა აკურთხა. გუდარეხის ტაძარის კი XIII საუკუნის მეორე მეოთხედით თარიღდება. მოსალოდნელია, რომ მანგლისმა დამოუკიდებლობა დაკარგა XIV ბოლოს, თემურლენგის შემოსევების დროს, რომელიც საქართველოს პირველად 1386 წელს შემოესია. 
პირველი ეპისკოპოსი, რომელიც ისტორიულ წყაროებში მანგლე-თბილელის სახელით გვხვდება, არის იოანე II, 1434 და 1437 წლების დოკუმენტებში მოხსენებული. 
მაგრამ როდესაც ქვეყანა ასე თუ ისე წყნარდება მანგლისის კათედრალი თავის უფლებებს იბრუნებს. 
XVII საუკუნის მეორე ნახევრისთვის ძეგლის მდგომარეობის შესახებ საყურადღებო ცნობას გვაწვდის მანგლისის გალავნის აღმოსავლეთ კედელში არსებული შესასვლელის თავზე მოთავსებული მხედრული წარწერა, რომელიც გვატყობუნებს, რომ 1667 წელს მანგლე ეპისკოპოსს არსენს სამშენებლო სამუშაო ჩაუტარებია. ეს წარწერა პირველად ბროსემ გამოსცა. წარწერაში ლაპარაკია გალავნის აგებაზე. სავარაუდოდ არსენს გალავანი აღუდგენია და თვით ძეგლიც შეუკეთებია. არსენის სამშენებლო მოღვაწეობის ნაყოფი უნდა ყოფილიყო ტრანსეპტის წინ აგურით და ქვით ნაგები კანკელი. როგორც წარწერიდან ჩანს ეპისკოპოს არსენს სამუშაოები ჩაუტარებია XVII საუკუნის მეორე ნახევარში, კერძოდ მეფე ვახტანგ V-ის შაჰნავაზის დროს (1658-1675 წწ.) ამის შემდეგ, XVII საუკუნის დასასრულს და XVIII საუკუნის პირველ მეოთხედში მრავალი სიგელ-გუჯარია გაცემული მანგლისის ტაძრისათვის შეწირულებათა მიცემის შესახებ. ამ სიგელ-გუჯარებიდან ირკვევა, რომ XVIII საუკუნის დასაწყისში მანგლისის ტაძარი მდიდარი, მრავალი მამულების მფლობელი კათედრალია, ხოლო მისი ეპისკოპოსი მეფის კარზე მიღებული და გავლენიანი პიროვნებაა. მანგლისის ამ დროს მეფეთა სასიქადულო ტაძარია, როგორც მას მეფე იესე 1715 წელს ტაძრისათვის მირთმეულ სიგელში უწოდებს.
როდესაც გიორგი XI ირანის შაჰს აჯანყების შემდეგ დამორჩილდა და `ყანდაარს~ ეახლა, მეფეს ამ მძიმე მისიის შესრულების დროს თან ახლდა `მანგლელი მთავარეპისკოპოსი დოპლენჯიშვილი არსენ~.
ვახუშტი ბატონიშვილის აღწერიდანაც ჩანს, რომ XVIII საუკუნეში მანგლისის ეპისკოპოსი საკმაოდ მოზრდილი რაიონის მწყემსი ყოფილა - `მწყემსი ალგეთის ხეობისა და ქციის ზემოთისა თრიალეთამდე~. ამ პერიოდში მანგლისის საეპისკოპოსოს თავისი მამულები სხვა ადგილებშიც ჰქონდა, მაგალითად ზემო და ქვემო ბოლნისში, ჯავახეთში და სხვა. როგორც 1706 საბუთიდან ირკვევა, მანგლელი ამ დროს იმდენადაა გაძლიერებული, რომ თბილელს სამეყსოს დარბაისლის ნიშანზე და საწირავზე ეცილება. მაგრამ მანგლისის ტაძრის და მისი ეპისკოპოსის ასეთი მდგომარეობა დიდხანს არ გაგრძელებულა. XVIII საუკუნეში მანგლისი ლეკებმა გაძარცვეს, ეკლესია და თვით მანგლისი მოსახლეობის მიერ მიტოვებულ იქნა. როდის შეწყდა მანგლისში წრვა-ლოცვა, როდის მიატოვა ტაძარი და ძველი სახელგანთქმული ქალაქი მოსახლეობამ სრულიად, ზუსტად არაა ცნობილი, როგორც ჩანს, ეს რამდენიმეჯერ მომხდარა. მტრის შემოსევის შემდეგ მიტოვებულ სოფელსა და ეკლესიაში შემდეგ, როდესაც ქვეყანა ოდნავ დაწყნარდებოდა კვლავ ბრუნდებოდა მოსახლეობა და ახლდებოდა მღვდელთმსახურება. ასეთი შემთხვევა ტაძრის ისტორიაში უკვე აღნიშნულია,  როდეაც ჯვრის სახელობის ტაძარი ღვთისმშობელზე აკურთხეს, შემდეგ არსენ ეპისკოპოსის მოღვაწეობაც ამითვე უნდა ყოფილიყო გამოწვეული. როგორც ისტორიული საბუთებით ირკვევა, არსენის შემდეგ მანგლისში წირვა-ლოცვა არ შეწყვეტილია XVIII საუკუნის პირველი მეოთხედის დასასრულემდე. 1725 წლიდან 1784 წლამდე მანგლისის ტაძრის შესახებ ცნობები არ მოგვეპოვება. სწორედ ამ პერიოდში მანგლისის კათედრალი, როგორც ჩანს, მიტოვებული იყო. ამის ნათელი დადასტურებაა 1784 წელს და 1794 წელს მეფე ერეკლეს მიერ გაცემული ბრძანება. პირველში მეფე უბრძანებს სიმონ მაღალაშვილს, რათა მტკვრის ორსავე ნაპირზე დასახლებული მანგლისის ეკლესიის გლეხები გადაასახლოს მანგლისის მახლობლად, სადაც არსდება ახალი სოფელი. ხოლო 1794 წელს დავით ოდბელიანს ბრძანებით ავალებს მოძებნოს ყველგან მანგლისის ეკლესიის გლეხები და გადასახლოს უკანვე, ეგრეთვე, შეიტყოს ვინ დაიკავა მანგლისის ეკლესიის მიწები, ჩამოართვას მათ და დაუბრუნოს ეკლესიას. იმავე წელს ნაიბს დავით აბაშიშვილს უბრძანებს, რომ მან იზრუნოს, რათა მანგლისის გლეხები სათანადოთ ემსახურონ ტაძარს, გადაუხადონ ყოველივე სავალდებულო გადასახადი და არ მისცეს არავის უფლება, რათა უმიზეზოდ შეაწუხონ ეკლესიის გლეხები, მეფე აძლევს უფლებას მანგლისის ეკლესიის გლეხები, რომლებიც სხვაგან არიან დასახლებული, უკან გადაასახლოს, მხოლოდ იმ პირობით, რომ ახლად დასახლებულებს აღმოუჩენს საჭირო დახმარებას.
ისტორიული უკანასკნელი საბუთი, სადაც მანგლისის ეპისკოპოსია მოხსენებული, 1796 წელს ეკუთვნის. მეფე ერეკლეს ენერგიული მოქმედების შემდეგ საუკუნის ბოლო მეოთხედში ტაძარი აღორძინდა. მაგრამ დიდხანს არც ეს გაგრძელდა. 1795 წელს აღა-მაჰმად ჰანის შემოსევას არა მარტო მანგლისის, არამედ მთელი იმ მხარის დაცარიელება მოჰყვა. ამიტომ იყო, რომ როდესაც 1824 წელს რუსეთის ჯარის ნაწილი დადგა მანგლისში, ის სრულიად მიტოვებული და უკაცრიელი იყო. ეკლესიაში უამინდობის დროს თათარი მწყემსები ცხვარს აყენებდნენ და ცეცხლს ანთებდნენ. კედლები, ორმნამენტები და ფრესკები ჭვარტლით იფარებოდა და ნადგურდებოდა. რუსი ჯარის ჩადგომას მანგლისში, უპატრონოდ მიტოვებული ტაძრისთვის პირველ ხანებში ზიანის მეტი არაფერი მოუტანია ამ ჯარის მეთაურის ნიკოლოზ მურავიოვის (შემდეგში მეფის ნაცვალი კავკასიაში და კავკასიის ჯარების მთავარსარდალი) უვიცობის გამო, რის შესახებაც ამავე პოლკის რიგითი ოფიცრები მოგვითხრობენ. იმის მაგივრად, რომ დაეცვა და პოლკის ეკლესიად გამოეყენებინა მანგლისის ტაძარი, მან ორიოდე კილომეტრიც მოშორებით ახალი ეკლესიის  შენება დაიწყო. ამ უკანასკნელის ასაგებად კი მანგლისის ახლო მახლო მდებარე ძველი ეკლესიების ნანგრევებიდან მოჰქონდათ მოპირკეთების ქვები. ასევე, მანგლისის ტაძრიდანაც მრავლად გაზიდეს არა მარტო სუფთად ნათალი მოპირკეთების, არამედ ჩუქურთმიანი და წარწერიანი ქვებიც. მანგლისის ეკლესიას რუსეთის ჯარის იქ მისვლიდან მხოლოდ 30 წლის შემდეგ მიექცა სათანადო ყურადღება. როგორც ა. უმანცევი გადმოგვცემს, 1849 წელს მანგლისში დასასვენებლად ყოფილა საქართველოს ექზარხოსი ისიდორე. ექზარქოსს გაუცია განკარგულება ტაძარი გაეწმინდათ და შეებათ მისთვის კარები. 1850 წელს ტაძარი დაუთვალიერებია მეფის ნაცვალს, რომელსაც შეწირელუბა გაუღია და განკარგულება გაუცია ძეგლის შეკეთების შესახებ. ძეგლის შეკეთება 1850-1851 წლებში დაიწყო და ამჟამად (ესე იგი 1852 წელს) საკურთხევლის გარეთა მხარე და გვერდის პატარა ოთახები აღდგენილია. ამრიგად, ძეგლზე აღდგენითი სამუშაოები 1850 წელს დაუწყიათ, მაგრამ ეს სამუშაოაები მალე შეჩერებულა და მხოლოდ აღნიშნული პოლკის ოფიცრების გულმოდგინების შედეგად 1856 წლიდან ძეგლის აღდგენას უფრო გულმოდგინედ მოჰკიდეს ხელი. 1857 წელს ეკლესიის და სამხრეთი კარიბჭის შეკეთება დაამთავრეს და მაშინვე შეაკეთეს მათი სახურავები. 1858 წლის 14 სექტემბერს ეკლესიის გუმბათზე ჯვარი აღმართეს. ამავე წელს პოლკის სადურგლო სახელოსნოში გააკეთეს კაკლის ხის იკონოსტასი, რომელიც მთლიანად მოაოქროვეს და ხატებით შეამკეს. ჩატარებულმა სამუშაომ დიდი ხარჯები მოითხოვა რის გამოც ძეგლის დასავლეთი კარიბჭის და გალავნის აღდგენა, აგრეთვე სამრეკლოს აგება და ეზოს კეთილმოწყობა 1862 წლამდე ვეღარ მოხერხდა. ეზო გაწმინდეს სამონასტრო ნანგრევებისგან და მასში ბაღი გააშენეს. 1862 წლის 9 ივნისს საქართველოს ექზარხოსმა ევსევიმ ტაძარი აკურთხა ღვთისმშობლის სახელზე. ამ ამბის უშუალო მონაწილეს. სლივიცკი აგვიწერს კურთხევის ზეიმს, რომელშიც მონაწილეობა მიიღო პოლკის მთლიანმა შემადგენლობამ, ადგილობრივმა მოსახლეობამ და სხვა ადგილებიდან მოსულმა ხალხმა. ძეგლის აღსადგენად საჭირო ფულის ნაწილი ნასესხები იქნა პოლკის ეკლესიის კაპიტალიდან, ნაწილი კი შევიდა შეწირულების სახით, როგორც პოლკის ოფიცრებისგან, ასევე მოსახლეობისაგან. ტაძრის აღდგენის და მასში საეკლესიო მსახურების განახლების შემდეგ, ის 22 წლის განმავლობაში პოლკის გამგებლობაში შედიოდა და თავის შემოსავლიდან ისტუმრებდა პოლკის ეკლესიის ვალს. ეკლესიამ თავის დამოუკიდებელი მართველობა მხოლოდ 1884 წელს მიიღო. 
XIX საუკუნეში ტაძარზე ჩატარებულ სამუშაოთა ისტორიას გადმოგვცემს სამი რუსული წარწერა, რომლებიც `რესტავრატორებს~ მოუთავსებიათ ძეგლის აღდგენილ ნაწილებზე. ამრიგად, XIX საუკუნეში ჩატარებული რემონტის შედეგად ტაძარი მღვდელმსახურებისთვის აღდგა, მაგრამ მეცნიერებისათვის ბევრი რამ საბოლოოდ დაიკარგა. აღმდგენელებმა ტაძარს გამოუსწორებელი ზიანი მიაყენეს და, რაც მთავარია, განადგურდა ბევრი ისტორიული მნიშვნელობის წარწერა. ამის შემდეგ ძეგლის ისტორიაში მნიშვნელოვანი არაფერი არ მომხდარა. 1956 წელს ტაძარი შეაკეთეს, აღდგენილ იქნა სამხრეთ-დასავლეთ კამერის აფსიდის ნაწილი, შეკეთდა სახურავი. მაგრამ ვინაიდან ძეგლზე არსებული კრამიტის ანალოგიური კრამიტი ვერ იშოვეს, დაიშალა საკურთხევლის ჩრდილოეთით მდებარე სამკვეთლოს გადამხურავი კალტა და ის კრამიტი გამოიყენეს ყველგან, სადაც დაზიანებული სახურავი ამას მოითხოვდა, ხოლო სამკვეთლო ხელახლა გადახურეს ახალი ღარისებრი კრამიტით. 1953 წელს საქართველოს ხელოვნების სახელმწიფო მუზეუმის დავალებით მანგლისის გუმბათში შემორჩენილი ფრესკების ნაწილის პირები გადაიღო მხატვარმა ტ. შევიაკოვამ, პირები ხელოვნების მუზეუმში ინახება. 
1959 შესრულდა ტაძრის ფრესკების გაწმენდა და გამაგრება, ეს სამუშაო მხატვარ-რესტავრატორ შ. აბრამიშვილის ხელმძღვანელობით და მონაწილეობით შესულდა.

წირვა-ლოცვა მანგლისში არც რევოლუციის შემდეგ არ შეწყვეტილა.