ყვარლის ნათლისმცემლის ტაძარი  ილიას მუზეუმიდან 30 მეტრში მდებარეობს და ჭავჭავაძეების კარის ეკლესიაა. ტაძარი გუმბათიანია და შესასვლელი დასავლეთის, ჩრდილოეთის და სამხრეთის მხრიდანაა. ტაძარი აგებულია ქართული აგურით და გადახურულია ქართული კრამიტით. აგებულია 1890 წელს დაღესტნის გენერალ-გუბერნატორის, ნიკოლოზ ზურაბის ძე ჭავჭავაძის მიერ. 

ეკლესიის კურთხევის დღეს ნიკოს ხალხისთვის მიუმართავს: "მე მხედარი კაცი ვარ, სად მომიწევს სიკვდილი, არავინ იცის, სხვა ქვეყნის სამიწედ ნუ გამხდით, ამ ჩემს აშენებულ ტაძარში დაასვენეთ ჩემი ძვლებიო."

მას შემდეგ საუკუნეზე მეტი გავიდა და ეკლესიამ დაკარგა ძველი დიდება, მეოცე საუკუნის პირველ ნახევარში იგი დახურეს. ძვირფასი ხატები და მთელი ქონება ეკლესიისა წაიღეს. ერთხანს ტაძარი კოლმეურნეობის საწყობადაც კი აქციეს, შემდეგ ილია ჭავჭავაძის ყვარლის სახელმწიფო მუზეუმის მეთვალყურეობის ქვეშ იმყოფებოდა და ეწყობოდა მასში დროებითი გამოფენები.

1988 წლის 2 აგვისტოს, წმინდა ილია მართლის ხსენების დღეს, უწმინდესისა და უნეტარესის  ილია მეორის ლოცვა კურთხევით გაიხსნა ეკლესია. მის აღდგენასა და ამოქმედებაში დიდი წვლილი მიუძღვით ზურაბ ჭავჭავაძესა და ილო ბეროშვილს.

 

ყვარლის იოანე  ნათლისმცემლის ეკლესია ჭავჭავაძიანთ საგვარეულო საძვალეცაა. თანახმად ანდერძისა, აქ განისვენებს მისი აღმშენებელი დიდი ნიკო ჭავჭავაძე (1830-1897). აღმდგენელი ეკლესიისა, საქართველოს ეროვნული მოძრაობის ერთ-ერთი ლიდერი  ზურაბ ჭავჭავაძე (1953-1989) და მამამისი, ფილოსოფოსი, აკადემიკოსი ნიკო ჭავჭავაძე (1923-1997) ამ ეკლესიაში მოღვაწეობდა წმიდა გრიგოლის (ფერაძე) ბიძა, გიორგი ფერაძე. სწორედ ბიძასთან იზრდებოდა 7 წლამდე იგი. გრიგოლი ფაშისტებმა მოკლეს საკონცენტრაციო ბანაკში.