До 1951 года в Грузии при Совете Министров Грузинской ССР существовало Управление по заповедникам.

В 1954-1957 годы было создано Управление охотничьих хозяйств и заповедников, которое находилось в ведомстве Министерства сельского хозяйства и заготовок Грузинской ССР.

В 1975-1980 годы Управление управления охотничьих хозяйств и заповедников входит в состав Министерства лесного хозяйства Грузинской ССР, которое функционирует в статусе Главного управления с 1980 года по 1992 год.

В период с 1997 года по 2004 год ведомство формируется в Государственный Департамент охраняемых территорий, заповедников и охотничьих хозяйств. 

С 1 февраля 2008 года создается и начинает функционировать Юридическое Лицо Публичного Права (ЮЛПП) Агентство охраняемых территорий.